如何使用python繪制gwas分析中的曼哈頓圖和qq圖

1、一共是4列（逗號(hào)分隔），分別為：[1]染色體編號(hào)，[2]SNP rs 編號(hào)，[3] 位點(diǎn)在染色體上的位置，[4]顯著性差異程度（pvalue）。在本例曼哈頓圖中我們只需要使用第1，3和4列；而QQ圖則只需要第4列——pvalue。

2、Python可以用在多種平臺(tái)上，包括Windows、Macintosh和各種常見(jiàn)的UNIX系統(tǒng)。另外針對(duì)PalmOS 和微軟的Pocket PC的相應(yīng)版本也在開(kāi)發(fā)中。

3、標(biāo)識(shí)放造成的。Guido 決心在Python 中避免這一錯(cuò)誤。同時(shí)，他還想實(shí)現(xiàn)在ABC 中閃現(xiàn)過(guò)但未曾實(shí)現(xiàn)的東西。

4、在R中進(jìn)行整理，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹。第一列為SNP的ID，第二列為chr，第三列為SNP的位置，第四列開(kāi)始為每個(gè)性狀的SNP的P值。

5、本文我們直接使用該包中的例子進(jìn)行講解（畢竟我也沒(méi)有可以繪圖的GWAS數(shù)據(jù)哈哈哈）。沒(méi)有安裝的可以先輸入 install.packages(qqman) 安裝該包。

6、所以，在分析GWAS時(shí)，我們?nèi)绾未_定找到的SNP位點(diǎn)是和我們關(guān)心的性狀顯著相關(guān)，而不是遺傳漂變呢，從QQ-plot可以得到這一信息。Q-Q plot 即Quantile-Quantile Plot。

好物分享——R語(yǔ)言版本的bedtools

1、bedtools 是一個(gè)非常香的工具，幾乎是人盡皆知，是一個(gè)強(qiáng)大的處理bed等文件的工具，正如其自己描述的一樣： a powerful toolset for genome arithmetic 。

怎樣批量計(jì)算基因編碼區(qū)長(zhǎng)度

1、我們可以比較一下使用相同注釋文件時(shí)，兩個(gè)程序計(jì)算的基因長(zhǎng)度是否一致。查看基因 ENSMUSG00000000004 ：可以發(fā)現(xiàn) featureCoutns 輸出的基因長(zhǎng)度與我們計(jì)算的一致，這是由于 featureCounts 也是采用非重疊外顯子作為基因長(zhǎng)度。

2、定量PCR產(chǎn)物：使用比較標(biāo)準(zhǔn)物或內(nèi)參基因等方法對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行定量。常見(jiàn)的方法包括熒光定量PCR、實(shí)時(shí)熒光定量PCR等。計(jì)算等長(zhǎng)目的基因數(shù)量：根據(jù)定量PCR結(jié)果，結(jié)合PCR擴(kuò)增效率和起始DNA模板濃度，可以計(jì)算出等長(zhǎng)目的基因的數(shù)量。

3、基因編碼區(qū)：外顯子單獨(dú)提取，例如trnK-UUU-trnK-UUU-1。基因非編碼區(qū)：包括嵌套基因外顯子之間的區(qū)域，例如trnK-UUU-2-matK、matK-trnK-UUU-1；包括內(nèi)含子。

4、則有mRNA上堿基數(shù)量 30*3=90個(gè) 終止密碼為三個(gè)mRNA上特定的堿基決定的，故需要再加上3個(gè)堿基 該多肽mRNA上堿基數(shù)量為90+3=93個(gè) 一個(gè)雙鏈的DNA轉(zhuǎn)錄成一個(gè)單鏈的mRNA則DNA上基因的長(zhǎng)度為mRNA上堿基數(shù)為93對(duì)。

5、基因的結(jié)構(gòu)包括編碼區(qū)和非編碼區(qū)。而真核生物的基因的編碼區(qū)是不連續(xù)的，又包括外顯子和內(nèi)含子。外顯子是編碼區(qū)內(nèi)的有效編碼序列，內(nèi)含子是編碼區(qū)中的非編碼序列。

探針尋找之旅(8)——RIdeogram繪制染色體探針?lè)植紙D

數(shù)據(jù)導(dǎo)入 → ideogram畫(huà)圖，輸出svg文件 → convertSVG將svg轉(zhuǎn)為png 想要查看所需要的不同文件的格式，可以打開(kāi)R安裝目錄中 D：\R\library\RIdeogram\doc\RIdeogram.R 文件，并運(yùn)行一下，既可以看到不同文件的格式。

參考： https：//cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram.html 如果物種不是人的，那么需要自己準(zhǔn)備染色體核型文件和染色體基因密度文件。

這樣，嫦娥奔月的8日之旅也就完成了。 “嫦娥一號(hào)”有四大任務(wù)：為月球畫(huà)一張三維圖，繪制月球上14種元素的全球分布圖；測(cè)量月壤的厚度，了解氦-3資源情況；探測(cè)4到40萬(wàn)公里范圍內(nèi)的地月空間環(huán)境。