国产一区二区精品-国产一区二区精品久-国产一区二区精品久久-国产一区二区精品久久91-免费毛片播放-免费毛片基地

千鋒教育-做有情懷、有良心、有品質(zhì)的職業(yè)教育機(jī)構(gòu)

手機(jī)站
千鋒教育

千鋒學(xué)習(xí)站 | 隨時(shí)隨地免費(fèi)學(xué)

千鋒教育

掃一掃進(jìn)入千鋒手機(jī)站

領(lǐng)取全套視頻
千鋒教育

關(guān)注千鋒學(xué)習(xí)站小程序
隨時(shí)隨地免費(fèi)學(xué)習(xí)課程

當(dāng)前位置:首頁  >  技術(shù)干貨  > 拆分染色體linux命令?

拆分染色體linux命令?

來源:千鋒教育
發(fā)布人:xqq
時(shí)間: 2023-10-18 05:37:09 1697578629

如何使用python繪制gwas分析中的曼哈頓圖和qq圖

1、一共是4列(逗號分隔),分別為:[1]染色體編號,[2]SNP rs 編號,[3] 位點(diǎn)在染色體上的位置,[4]顯著性差異程度(pvalue)。在本例曼哈頓圖中我們只需要使用第1,3和4列;而QQ圖則只需要第4列——pvalue。

2、Python可以用在多種平臺上,包括Windows、Macintosh和各種常見的UNIX系統(tǒng)。另外針對PalmOS 和微軟的Pocket PC的相應(yīng)版本也在開發(fā)中。

3、標(biāo)識放造成的。Guido 決心在Python 中避免這一錯誤。同時(shí),他還想實(shí)現(xiàn)在ABC 中閃現(xiàn)過但未曾實(shí)現(xiàn)的東西。

4、在R中進(jìn)行整理,pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹。第一列為SNP的ID,第二列為chr,第三列為SNP的位置,第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。

5、本文我們直接使用該包中的例子進(jìn)行講解(畢竟我也沒有可以繪圖的GWAS數(shù)據(jù)哈哈哈)。沒有安裝的可以先輸入 install.packages(qqman) 安裝該包。

6、所以,在分析GWAS時(shí),我們?nèi)绾未_定找到的SNP位點(diǎn)是和我們關(guān)心的性狀顯著相關(guān),而不是遺傳漂變呢,從QQ-plot可以得到這一信息。Q-Q plot 即Quantile-Quantile Plot。

好物分享——R語言版本的bedtools

1、bedtools 是一個(gè)非常香的工具,幾乎是人盡皆知,是一個(gè)強(qiáng)大的處理bed等文件的工具,正如其自己描述的一樣: a powerful toolset for genome arithmetic 。

怎樣批量計(jì)算基因編碼區(qū)長度

1、我們可以比較一下使用相同注釋文件時(shí),兩個(gè)程序計(jì)算的基因長度是否一致。查看基因 ENSMUSG00000000004 :可以發(fā)現(xiàn) featureCoutns 輸出的基因長度與我們計(jì)算的一致,這是由于 featureCounts 也是采用非重疊外顯子作為基因長度。

2、定量PCR產(chǎn)物:使用比較標(biāo)準(zhǔn)物或內(nèi)參基因等方法對PCR產(chǎn)物進(jìn)行定量。常見的方法包括熒光定量PCR、實(shí)時(shí)熒光定量PCR等。計(jì)算等長目的基因數(shù)量:根據(jù)定量PCR結(jié)果,結(jié)合PCR擴(kuò)增效率和起始DNA模板濃度,可以計(jì)算出等長目的基因的數(shù)量。

3、基因編碼區(qū):外顯子單獨(dú)提取,例如trnK-UUU-trnK-UUU-1。基因非編碼區(qū):包括嵌套基因外顯子之間的區(qū)域,例如trnK-UUU-2-matK、matK-trnK-UUU-1;包括內(nèi)含子。

4、則有mRNA上堿基數(shù)量 30*3=90個(gè) 終止密碼為三個(gè)mRNA上特定的堿基決定的,故需要再加上3個(gè)堿基 該多肽mRNA上堿基數(shù)量為90+3=93個(gè) 一個(gè)雙鏈的DNA轉(zhuǎn)錄成一個(gè)單鏈的mRNA則DNA上基因的長度為mRNA上堿基數(shù)為93對。

5、基因的結(jié)構(gòu)包括編碼區(qū)和非編碼區(qū)。而真核生物的基因的編碼區(qū)是不連續(xù)的,又包括外顯子和內(nèi)含子。外顯子是編碼區(qū)內(nèi)的有效編碼序列,內(nèi)含子是編碼區(qū)中的非編碼序列。

探針尋找之旅(8)——RIdeogram繪制染色體探針分布圖

數(shù)據(jù)導(dǎo)入 → ideogram畫圖,輸出svg文件 → convertSVG將svg轉(zhuǎn)為png 想要查看所需要的不同文件的格式,可以打開R安裝目錄中 D:\R\library\RIdeogram\doc\RIdeogram.R 文件,并運(yùn)行一下,既可以看到不同文件的格式。

參考: https://cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram.html 如果物種不是人的,那么需要自己準(zhǔn)備染色體核型文件和染色體基因密度文件。

這樣,嫦娥奔月的8日之旅也就完成了。 “嫦娥一號”有四大任務(wù):為月球畫一張三維圖,繪制月球上14種元素的全球分布圖;測量月壤的厚度,了解氦-3資源情況;探測4到40萬公里范圍內(nèi)的地月空間環(huán)境。

聲明:本站稿件版權(quán)均屬千鋒教育所有,未經(jīng)許可不得擅自轉(zhuǎn)載。
10年以上業(yè)內(nèi)強(qiáng)師集結(jié),手把手帶你蛻變精英
請您保持通訊暢通,專屬學(xué)習(xí)老師24小時(shí)內(nèi)將與您1V1溝通
免費(fèi)領(lǐng)取
今日已有369人領(lǐng)取成功
劉同學(xué) 138****2860 剛剛成功領(lǐng)取
王同學(xué) 131****2015 剛剛成功領(lǐng)取
張同學(xué) 133****4652 剛剛成功領(lǐng)取
李同學(xué) 135****8607 剛剛成功領(lǐng)取
楊同學(xué) 132****5667 剛剛成功領(lǐng)取
岳同學(xué) 134****6652 剛剛成功領(lǐng)取
梁同學(xué) 157****2950 剛剛成功領(lǐng)取
劉同學(xué) 189****1015 剛剛成功領(lǐng)取
張同學(xué) 155****4678 剛剛成功領(lǐng)取
鄒同學(xué) 139****2907 剛剛成功領(lǐng)取
董同學(xué) 138****2867 剛剛成功領(lǐng)取
周同學(xué) 136****3602 剛剛成功領(lǐng)取
相關(guān)推薦HOT